Academy City'nin esperleri, "Seviye 0" ın güçsüz olduğu ve "Seviye 5" in çok büyük bir miktara sahip olduğu altı seviyeye ayrılmıştır. Academy City'de ikamet eden birkaç milyon esperden sadece yedisi Seviye 5'e ulaştı ve aralarında en üst sırada yer alan Accelerator olarak biliniyor. Toaru Kagaku no Accelerator, gücünün çoğunun bedeli karşılığında neşeli Son Siparişi koruduktan sonra en güçlü Seviye 5'e odaklanır. Hastanede iyileşen Hızlandırıcı, Son Sipariş'in bir fotoğrafını taşıyan gizemli bir kız olan Estelle Rosenthal'ın hayatını kurtarana kadar nispeten sessiz bir yaşam sürdü. Ne yazık ki, Accelerator şimdi kendisini tehlikeli bir görev için Son Siparişi kullanmayı planlayan Disiplin Eylemi adlı uğursuz bir organizasyon biçiminde yeni bir çatışmanın içinde buluyor. Artık planlarını harekete geçirdiklerine ve genç kızın peşinde olduklarına göre, Last Order'ı korumak ve bu süreçte Akademi Şehri'ni savunmak dünyanın en güçlü esperine ve yeni bulduğu arkadaşına kalmış.